- 實驗室介紹
- 技術人員
- 儀器設備
- 實驗流程
生物信息學與藥物設計實驗室提供了一個集成的生物信息學分析和藥物設計平台，側重於以下五個方面：構建一個全面和大型的生物醫學數據倉庫;數據挖掘技術提 取，從大量的生物學數據中提取有用的結果;承擔組學分析，包括蛋白質組學和代謝組學;處理用於存儲，檢索和分析生物數據的方法，如核酸和蛋白質序列，結構，功能，通路和遺傳相互作用的方法﹔使用生物信息學工具進行計算機輔助藥物設計（ CADD ）技術研究。
Ø生物醫學數據庫
我們收集整合多種層面的生物醫學數據庫的信息構建了生物醫學數據庫。現有的生物醫學數據庫包括SinoMed, PubMed, OMIM, GO, NCI pathway interaction database, MeSH, PubChem, TCMDB, PDB, ChEMBL, PharmaGKB, TTD, DrugBank, UniProt, UMLS 和 KEGG.
Ø數據挖掘
基於生物醫學數據庫，典型的文本挖掘任務包括文本分類，文本聚類，概念/實體抽取，情感分析和文件總結以從這些文本數據獲取高質量信息。
Ø蛋白質組和代謝組分析
該實驗室提供了一個全面的蛋白組學和代謝物組學分析平台。氣相色譜（GC）和高效液相色譜（HPLC）這兩種廣泛使用的方法被用於實驗室中。此外，質譜（MS ）被用於定量HPLC和GC分離後的代謝產物。一些統計學軟件被用於MS的數據分析。
Ø生物信息學分析
通過應用計算密集型技術，我們開發了新的算法和統計方法，用以評估的大數據集的成員之間的關系，以增加對生物過程的理解。一些商業軟件，比如ingenuity pathway analysis (IPA)也被用於網絡分析，比較分析，上游調控因子分析，機械網絡和通路分析。
Ø計算機輔助藥物設計
基於對小分子，蛋白質，和核酸機構的理解，我們使用計算機輔助藥物設計技術（CADD）來發現和設計用於治療的活性分子。為了進一步理解藥物/藥物組合在生物網絡中作用機制，我們發展了基於結構的技術以識別藥物/藥物組合的分子靶點。
◆ 副教授 （內地職位）
◆ 專業：生物信息學
◆ 電郵： forzhengguang@163.com
◆ 博士生
◆ 專業：生物信息
◆ 電郵： thuangsh@gmail.com
◆ 博士生
◆ 專業：生物信息
◆ 電郵： hebinghb@gmail.com
◆ 博士生
◆ 專業：生物信息
◆ 電郵: wangml1240@163.com
Ø設備名稱: IBM X3650 M4服務器
Ø地點: 北京, IBRCM, 307房間
Ø技術員: 鄭光博士 (forzhengguang@163.com)
Ø參數: 結 構: RAID5 HDD 1.5T硬盤 / 至強 E5620*2 處理器/ Ethernet 1G*2網卡 / Windows Server 2003 Enterprise Edition 操作系統/ SQL Server 2008數據庫. 在線服務: 數據挖掘.
Ø設備名稱: IBM X3500 M3服務器
Ø地點: 蘭州網絡中心107房間
Ø技術員: 鄭光博士(forzhengguang@163.com)
Ø參數: 結 構: RAID5 HDD 10T 硬盤/ 至強 E5-2620*2 處理器/ Ethernet 1G*2 網卡/ Windows Server 2008 R2 Enterprise Edition 操作系統/ SQL Server 2008 R2數據庫. 在線服務: 生物醫學數據存儲倉庫和數據挖掘.
Ø儀器名稱：超高壓高效液相色譜儀與高精密度質譜聯用儀器
Ø位置：賽馬會中醫藥學院大樓707室
Ø技術人員: 陳志良先生 (clchan@hkbu.edu.hk)
Ø儀器描述：高 速度和高靈敏度的定性和定量檢測儀器。安捷倫6540 Q-TOF LC / MS系統提供最低檢測線及高分辨率的液質聯用儀器。有史以來第一次,我們可以實現低毫克級的靈敏度、高分辨率和精准分子量檢測。該儀器是制劑和代謝物研 究、蛋白質組學、代謝組學、食品安全、取證、毒理學和環境檢查應用的理想工具。
Ø儀器名稱：氣相色譜儀配備電子檢測器和離子阱質譜(GC-ECD /離子阱MS)聯用儀
Ø位置：賽馬會中醫藥學院大樓707室
Ø技術人員: 陳志良先生 (clchan@hkbu.edu.hk)
Ø儀器描述：6300 系列TrapLC/MS儀器是完整的LC / MS / MS系統。硬件包括一個安捷倫1200系列LC,離子阱質譜儀和數據分析系統。另外，離子阱LC / MS儀器都配有一個注射器泵，具有低速或高速流直接注樣功能。軟件包括程序控制、數據採集、數據分析、定量分析、樣品自動進樣和液相控制。
Ø儀器名稱：高效液相色譜-噴霧電離源電離檢測聯用儀器
Ø位置：賽馬會中醫藥學院大樓707室
Ø技術人員: 陳志良先生 (clchan@hkbu.edu.hk)
Ø儀器描述：電噴霧電離(ESI)技術是將LC / MS用於分析大小分子量的物質，可以獲得良好的靈敏度和強度、可靠的性能。它可以產生陽離子和陰離子，離子極性可以重復掃描，得到兩倍的信號強度。
Chem-informatics using structure-based approach